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云南省分子医学研究中心官方博客

双向电泳常见问题解析

感谢DXY论坛的solonye老师做了这么精彩的东东

专题一卷首语由于大型串联质谱的飞速发展, 双向电泳目前已经逐渐让位给其他的各种非胶系统分析手段,但是双向电泳在很长一段时间内仍然会是我们在蛋白质组学领域中不可缺少的一种分析手段。 这个专题希望能够给大家在2D中遇到的一些问题提供一个快速索引,并且共同讨论您在2D中遇到的问题及解决方案!

个人进入蛋白质组学领域也有6-7年的时间了, 对于双向电泳技术,从最开始的花篮式电泳到2D-IPG-PAGE, 再到现在的2D-DIGE技术都比较熟悉。 使用过安玛西亚和伯乐的1向和2向(包括13cm,18cm和24cm的6胶系统), 图像分析软件PDQUEST, IMAGEMASTER, 以及PE配套的PROTEIN2000,GE的TYPHOON配套的DECYDER分析软件。质谱主要接触过MALDI-TOF, MALDI-TOF/TOF, Q-TOF, LC MS/MS。

这个专题主要是一个译本,来自于2D Principles and Methods Handbook中的Trouble shooting部分, 由原安玛西亚公司, 现在的通用生物公司提供的, 我觉得对我在2D中遇到问题时候找出原因非常有用,而园子里所提供的无论是这个版本的中文版还是BIO-RAD的2D指南都没有这个部分的翻译,或者说有少量翻译但是却没有配图片,使得大家同样无法对号入座的来查找自己的电泳中遇到的问题。加上这段时间发现仍然有很多战友在使用2D这项技术,并且将自己的2D图谱发上来探讨, 所以萌生了重新翻译并且配上图片和自己的点评的念头。如有错误或者分析的不好的地方望各位战友不吝指出,谢谢!


专题二卷首语

上一个专题“2D-PAGE实例分析(2D Troubleshooting) 和超强技术支持”在发出后得到了版主和战友们的支持,在大家的共同探讨中, 对于2D其中的很多问题都有了很多新的认识。与此同时, 我上次发的专题中所提到的实例很多都是局部, 而没有全图,所以一些战友在分析自己的胶图结果的时候, 无法很好的对号入座, 所以才决定再推出这个“2D Trouble shooting 实例分析第二波: 从样本制备到结果分析”。同样也是翻译自GE HEALTH的专家一次讲座的PPT, 然后加上我自己的一些听后的感想和心得。

这个专题的重点在于通过大量完整的2D胶整图实例, 在从样本制备的过程到结果分析中, 不同的处理方式(如盐离子浓度, 不同范围的IPG胶条, 以及样品成分, 试剂污染的影响)所造成的后果的比较, 来说明我们实验中所需要注意的一些问题, 并且能够更好的与实验中的一些不理想的2D胶对号入座, 更快更好的找出需要改进的地方。

但是这个专题的目标并不是说2D有多么多么重要, 因为现在对于蛋白质组学的研究, 随着目标蛋白的特异性的逐渐增加, 由于2D的局限性,其所占的比例已经越来越小, 但是作为蛋白质组学的一个经典手段, 这个专题如果能够帮助大家在2D上节约时间, 从而更好的投入进一步的功能和通路分析中去,我的初衷也就达到了。

下载地址:

 http://pan.baidu.com/s/1bvJbIY

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